从20世纪80年代以来，人们用透射电镜研究淋巴管的超微结构，取得很大的进展。此外，用前述各种方法在光镜下观察的结果，有时也需在透射电镜下，根据淋巴管的超微结构特点做进一步的确认和探讨。

首先制作半薄切片，动物麻醉后，用0.9%盐水冲洗血管，至小血管接近白色为止。然后用2%多聚甲醛和3%戊二醛固定，继续用0.1M磷酸缓冲液冲洗。为区分淋巴管和血管，也可由动脉注入加0.2%～0.3%墨汁的生理盐水，至器官表面稍呈现黑色为止。然后取材，用戊二醛和锇酸进行双重固定，脱水，用国产环氧树脂618或Epon812包埋，制作0.5～1μm的半薄切片，用甲基-天青染液和碱性复红染液染色，在光镜下观察，根据毛细淋巴管和淋巴管的管壁薄、管径大且不规则，以及管腔内无墨汁颗粒特点，来与毛细血管及小静脉相区别（图3-16，17）。然后将确认为存有毛细淋巴管及淋巴管的部位做超薄切片，用醋酸双氧铀和枸橼酸铅进行电子染色，透射电子显微镜下观察，进一步确认毛细淋巴管和淋巴管，并观察其超微结构的特点（图3-18，19）。根据我们对很多器官淋巴管的观察，在半薄切片上，毛细淋巴管和淋巴管的形态结构特点显示最为明显，再结合超薄切片透射电镜的观察，完全可以取得客观准确的研究结果。